Создан алгоритм выявления мутаций, связанных с раком кишечника

Российские ученые разработали новый вычислительный метод, который позволяет быстро обнаруживать изменения в ДНК, способствующие росту опухолей при раке прямой и толстой кишки. Этот алгоритм может ускорить создание новых противораковых препаратов, как сообщили в пресс-службе Центрального университета. Об этом сообщает сайт ТАСС.

Ранее биологам приходилось полагаться на проб и ошибок, чтобы определить, какие гены активируются определенными длинными некодирующими РНК. Новый подход позволяет за несколько часов вычислений получить проверяемую гипотезу и короткий список приоритетных генов-мишеней. Это можно сравнить с навигатором в геномном лабиринте, который показывает исследователям и онкологам возможные направления терапии.

Ученые отметили, что не только мутации в генах, кодирующих белки, но и изменения в некодирующих участках ДНК, влияющих на синтез длинных цепочек РНК, существенно влияют на развитие опухолей. Например, длинная цепочка РНК SNHG1, количество копий которой увеличивается при раке кишечника, вызывает интерес. Однако, как именно этот элемент влияет на рак и на какие гены он воздействует, оставалось неясным из-за его длины и множества потенциальных мишеней.

Для решения этой задачи был предложен алгоритм, который помогает быстро находить новые участки генома, связанные с опухолями и подходящие для дальнейшего изучения как мишени для терапии. Метод учитывает взаимодействие ДНК и РНК, активность генов и расположение суперэнхансеров, которые могут усиливать работу генов.

Этот алгоритм позволил выявить 12 перспективных генов-мишеней, активность которых повышена в опухолях по сравнению со здоровыми тканями и связана с уровнем SNHG1. В числе этих генов находится TOP1, который является мишенью для известной химиотерапии при раке кишечника. Это подтверждает эффективность нового метода и указывает на его потенциал в разработке новых терапий и более точном подборе лечения для пациентов.

По данным Всемирного фонда изучения рака, рак прямой и толстой кишки диагностируется у более 1,8 миллиона человек ежегодно. Более половины пациентов умирает в течение пяти лет после диагностики, особенно если болезнь была выявлена на поздних стадиях. Это подчеркивает необходимость поиска новых методов диагностики и лечения.