Создана программа для выявления ошибок при чтении ДНК

Специалисты Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова разработали программу, которая помогает выявлять ошибки при чтении ДНК и тем самым повышать точность нанопорового секвенирования. Об этом сообщили в пресс-службе вуза. Новый инструмент предназначен для контроля качества данных, получаемых методом анализа нуклеиновых кислот, при котором считываются длинные цепочки ДНК и РНК.

При подготовке образцов к нанопоровому секвенированию к молекулам ДНК и РНК прикрепляют специальные искусственные элементы — адаптеры, баркоды и другие служебные последовательности. Они позволяют системе корректно распознавать и различать образцы. Если такие фрагменты размещены неправильно или встречаются слишком редко, качество считывания заметно ухудшается, а часть информации может искажаться или теряться.

Созданная в МГУ программа NanoporeInspect даёт возможность задать нужные искусственные последовательности и увидеть, как они распределены по прочитанным фрагментам. Как пояснила соавтор разработки, ведущий специалист лаборатории математического моделирования НИВЦ МГУ Мария Григорьева, ошибки в прикреплении адаптеров или баркодов сразу становятся заметны на интерактивных графиках: исследователь может увидеть, где элементы стоят неровно, отсутствуют или встречаются слишком редко.

Сервис реализован в формате интерактивного веб-инструмента: пользователь загружает файлы с результатами секвенирования, указывает используемые адаптеры и баркоды, после чего система анализирует данные с помощью специальных алгоритмов и строит наглядные распределения. В университете отмечают, что это позволяет заранее оценить качество библиотеки, ещё до начала трудоёмкого биологического анализа. Разработка выполнена в рамках Научно-образовательной школы МГУ «Мозг, когнитивные системы и искусственный интеллект», сообщает ТАСС.

Читайте также:

• Кассир из "Пятерочки" объяснила, зачем именно они сами взвешивают товар: на это есть 2 веские причины
• Вот почему во времена СССР празднование Нового года было в разы душевнее и веселее
• Если вам 60–75: Самое глупое, что можно сделать после еды — почти все делают в любом случае
• Когда ждать настоящих морозов и снега: синоптик Вильфанд рассказал, когда все же наступит зима 2025-2026
• Салат «Пегас» заманит счастье и богатство в год Огненной Лошади – поставьте на новогодний стол